Yhdistyksen tietoon on tullut useampi tapaus, joissa opettajat ovat korkeakouluissa syrjineet ja pyrkineet vaientamaan karjalaisia opiskelijoita. Opinnäytetyön ohjauksesta on kieltäydytty väittäen, ettei karjalaista kulttuuria ole olemassa erillisenä suomalaisesta kulttuurista. Lisäksi karjalaisuuteen liittyvistä aiheista keskusteltaessa on vähätelty karjalaisten itsemäärittelyoikeutta ja vaadittu karjalaisuudesta sellaisia määritelmiä, joiden takana itse karjalainen yhteisö ei seiso.
Karjalaisista tehtyyn tutkimukseen tulisi soveltaa vähemmistöjen tutkimuksen eettisiä ohjeita. Tutkimuseettisen neuvottelukunnan ohje ihmiseen kohdistuvan tutkimuksen eettisistä periaatteista ohjeistaa tutkijaa perehtymään ennakkoon tutkittavaan yhteisöön, kulttuuriin ja näiden historiaan, jotta vältytään aiheuttamasta tarpeetonta haittaa tutkittaville tai heidän edustamilleen yhteisöille. Tutkittavien ja tutkijoiden välinen luottamus säilyy vain, jos tutkimuksiin osallistuvien henkilöiden ihmisarvoa ja oikeuksia kunnioitetaan. Tutkimuseettisen neuvottelukunnan ohjeita tulisi soveltaa tutkimuksen kohteena olevien ihmisten ja yhteisöjen lisäksi opiskelijoihin ja heidän tutkimusaiheisiinsa kaikilla tieteenaloilla. Tieteen vapaus on kuitenkin perustuslaillisesti turvattu ja sen harjoittajan tulisi voida valita oma tutkimusaiheensa vapaasti.
Karjalaisen kulttuurin vähättely ja määrittely ulkoapäin suomalaiseksi kulttuuriksi mitätöivät vähemmistön itsemääräämisoikeuden. Se vie karjalaisilta osallisuuden heitä koskevassa tutkimuksessa. Vähemmistöllä on oikeus määritellä itsensä suhteessa valtakulttuuriin, ja vähemmistöön kuuluvien opiskelijoiden tulisi saada tehdä opinnäytetöitä ja muita suorituksia tästä näkökulmasta.
Puolustautuva suhtautuminen karjalaisyhteisön esittämään kritiikkiin on osa ongelmaa. Koska tutkimusta karjalaisista on tehty suomalaisesta näkökulmasta ja suomalaisia varten, on tutkimuksen historiassa tuotettu virheellistä tietoa, jonka päälle tieteellisen tiedon rakentaminen vinouttaa kuvaa karjalaisuudesta.
Suomen koulutusjärjestelmän kuuluisi olla opiskelijoille syrjinnästä vapaa ja yhdenvertainen tila, mutta kaikkialla tämä ei kuitenkaan toteudu. Vähemmistöön kuuluvan opiskelijan oikeus määritellä oma, vähemmistöään koskeva tutkimusaiheensa tulisi turvata.
